Como cada año por esta temporada, y una vez conocidas las banderas azules que ondearán en las playas gaditanas, Ecologistas en Acción ha vuelto a publicar su particular lista de banderas negras con la que inciden en aquellos puntos del litoral que según sus criterios, no cumplen con las normas de respeto al medio ambiente y causan impactos medioambientales importantes para el cuidado de la franja litoral. Se trata de una denuncia pública de aquellas playas o tramos que sufren vertidos contaminantes, agresiones urbanísticas o cualquier otra actuación que ocasione una pérdida de calidad ambiental.

Este año, y como viene siendo habitual, Rota no se ha librado de estar presente en esta lista en las dos categorías que los ecologistas presentan cada año, la de Bandera Negra, si se trata de impactos de gravedad tales como vertidos contaminantes o agresiones urbanísticas, y Puntos Negros, que se refiere a impactos significativos pero de menor calado.

En esta XIII edición de su campaña de Banderas Negras, la playa de la Costilla ha vuelto a salir mal parada con este distintivo que pone en evidencia el vertido sin depurar durante los meses de verano de más de la mitad del volumen de las aguas residuales del municipio a través de un emisario submarino de 1.500 metros que se sitúa frente a la bajada de la plaza Jesús Nazareno. Aunque los ecologistas apuntan que la depuradora funciona correctamente, denuncian que ésta tenga que atender a la depuración de las aguas procedentes de Rota, la Base Naval y Costa Ballena -tanto la zona de Rota como de Chipiona- cuando con tan solo la población del municipio roteño ya funciona al límite de sus posibilidades. En los meses de verano la población se triplica y la depuradora no tiene capacidad técnica para depurar todas las aguas residuales por lo que según el colectivo, es motivo más que suficiente para que una bandera negra ondee en esta playa.

En la segunda categoría, la de los Puntos Negros, tampoco Rota se queda fuera. En este caso, la playa de La Ballena, entre Chipiona y Rota, se sitúa en primer lugar al proseguir la ejecución de la segunda fase de la "gigantesca macro urbanización de Costa Ballena", refiriéndose al tramo de Chipiona. Según Ecologistas en Acción, que un complejo residencial como Costa Ballena reúna las 40.000 plazas residenciales, más que los cascos urbanos de Rota y Chipiona juntos, supone una total aberración del paisaje conllevando además que los aportes de arena en la citada playa sean constantes para mantener una playa "de arena mojada" solo porque la urbanización turistica se hizo en torno a ella. 

En la misma línea se encuentra la playa de Aguadulce, desde Punta Candor a Costa Ballena. Para el colectivo, éste es un punto negro al ser un extenso diseminado de construcciones ilegales que han ocupado parte del dominio público por escolleras y que debido a los temporales, que están produciendo un retroceso de la franja litoral, se hace necesaria la puesta en marcha de un proyecto de la Dirección General de Costas para que se recupere y preserve el dominio público.

En la misma lista de Puntos Negros, se encuentran, como cada año, Los Corrales de Rota por carecer de un plan de uso y gestión tras 9 años de su declaración como Monumento Natural. El exceso de contaminación orgánica ha generado un gran deterioro, casi desaparición, de las praderas de fanerógamas marinas aledañas al monumento natural y por ello, merece esta negativa distinción a criterio de los ecologistas. Por último, en lo que se refiere al municipio roteño, la playa del Chorrillo cierra los puntos negros de la costa por la construcción de una escollera como elemento de protección de instalaciones militares provocando de manera injustificada para el colectivo,  la privatización del dominio público marítimo terrestre, refiriéndose con ello, a la playa del Almirante.