Los vertidos de aguas residuales al mar son un tema que preocupan especialmente a Ecologistas en Acción que insiste frecuentemente en que  a causa de la escasa capacidad de la depuradora de Rota, el Ayuntamiento se ve obligado a eliminarlos a través del mar. La situación, como ya  han denunciado en más de una ocasión, empeora en los meses de julio y agosto cuando la localidad ve multiplicada su población y por tanto, la imposibilidad de atender la depuración de todas las aguas residuales. Por ello, Ecologistas en Acción ha denunciado el cobro del canon de depuración incluido en  el recibo de agua de esos dos meses estivales considerándolo "indebido"  dado que según apuntan, "durante estos meses la estación depuradora no pude hacer frente a la depuración de  la totalidad de las aguas residuales que genera el municipio" y por tanto, el Consistorio cobra por un servicio que no presta.
 
Este colectivo entiende que, por un lado, ninguna empresa pública o privada puede facturar un servicio que no da,  y por otro,  que si bien sólo presta el servicio a una parte de la población -los residentes de Costa Ballena-, no puede cobrar el canon  de depuración de un modo indiscriminado a toda la población. Y es que según la denuncia de los ecologistas, la depuración de las aguas residuales en los meses estivales es un servicio que se realiza "parcialmente", es decir afecta sólo a una parte de la población.

La capacidad de la EDAR es de unos 12.000m3 diario y el Ayuntamiento tiene que  “eliminar a través del emisario submarino un millón de metros cúbicos de aguas residuales anuales”, según datos de prensa de la consejería de Medio Ambiente. 

Los ecologistas estiman que entre la población de Costa Ballena y la Base Naval ya consumen las cantidades máximas diarias que tiene la EDAR como capacidad de depuración y que las aguas residuales que se generan en la zona urbana de Rota no se depuran y se vierten directamente al mar en su totalidad. Según su planteamiento, si esas aguas no reciben ningún tipo de tratamiento que supongan un gasto de depuración de las mismas, "no entendemos que se pueda cobrar  a la ciudadanía por un servicio que no se realiza".

Por todo ello, Ecologistas en Acción ha solicitado al Ayuntamiento de Rota que no incluya el canon de depuración de los meses de julio y agosto  2013 en los recibos que se emitan para los residentes en el casco urbano Rota. Igualmente insta a la ciudadanía residente en esa zona que solicite la devolución del canon cobrado en los últimos cuatro años (2009 al 2012) a través de un escrito tipo que están haciendo llegar a los interesados.